Der Verein wurde in der ersten Mitgliederversammlung am 4. August 1987 unter dem Namen “Institut für Selbstorganisation und selbstverwaltete Betriebe” gegründet. Der Verein hat seinen Namen in der Mitgliederversammlung vom 3. November 2016 in “Institut für Selbstorganisation e.V.” geändert.
Der Name des 1987 gegründeten Vereins ist noch ganz der Phase verpflichtet, die aus der Alternativbewegung der 70er Jahre entstandenen Betriebe zu unterstützen. Dazu bot “das ISO” eine Plattform und ein Seminar- und Beratungsangebot an. Die Themen ökologische Verantwortung waren eng mit der Vorstellung verknüpft, die Arbeit selbst zu organisieren, nicht innerhalb einer Unternehmenshierachie, sondern in Selbstverantwortung und solidarisch. Der Drive dieses Unternehmenskonzepts ist in den 90er Jahren verloren gegangen, aus Alternativbetrieben wurden, z.T. sehr erfolgreich, private Unternehmen. Über die Gründe könnten wiederum Seminare abgehalten werden, und die weiterhin bestehenden Projekte und Betriebe, die von den Mitarbeiter*innen selbst geführt werden, verdienten sicherlich mehr Aufmerksamkeit.
Vor einigen Jahren wurde der Focus des Vereins verschoben. Die Grundideen der Vereinsaufgabe sollten aber beibehalten bleiben. Es lag also nahe, die Aufgabe auf eine quasi kommunale Ebene zu heben. Denn die Gemeinde, die Kommune soll ja auch in der Gesellschaft von heute eine möglichst Bürger*innen nahe Selbstverwaltung darstellen – eher ein Idealfall, aber doch ein Anspruch.
Also widmete sich der Verein Institut für Selbstorganisation e.V. dem Erfahrungsschatz der Protestbewegungen und der kommunalen Geschichte. Denn hier waren die Impulse ständig präsent: Gegen Bevormundung, gegen falsche Autoritäten, gegen Verwaltungswillkür, für mehr Beteiligung und Mitentscheidung, sei es bei Stadtteilsanierungen und vielem mehr.
Mit diesem Hintergrund entstanden Veranstaltungen, Ausstellungen und Publikationen, häufig in Zusammenarbeit mit anderen Vereinen und Organisationen. Einige dieser Publikationen wurden auch sehr erfolgreich.